Les risques microbiologiques

Différentes organisations internationales et nationales ont recensé les germes d’origine hydrique susceptibles de porter atteinte à la santé des consommateurs (cf. Agents microbiologiques d’intérêt pour l’eau). Les maladies infectieuses causées par les bactéries, virus ou parasites pathogènes représentent le risque sanitaire le plus important associé à l’eau alimentaire. Certains de ces pathogènes conduisent à des maladies sévères parfois mortelles (typhoïde, choléra, hépatites infectieuses [causées par le virus de l’hépatite A ou E] ou maladies causées par Shigella sp. Ou E. coli O157). D’autres pathogènes sont associés à des maladies moins sévères, notamment des gastro-entérites (norovirus, Cryptosporidium). Certaines populations comme celles dont les défenses immunitaires sont affaiblies (personnes âgées, enfants, personnes sous traitement immunosuppresseur ..) sont plus sensibles à certains agents comme Pseudomonas aeruginosa et species, Flavobacterium, Acinetobacter, Klebsiella à l’origine d’infections des yeux, de la peau, des muqueuses …

Le suivi de la qualité microbiologique de l’eau en routine repose sur la recherche de germes témoins de contamination fécale : la réglementation impose l’absence d’Escherichia coli et d’entérocoques dans 100 ml d’eau, ce qui apporte une bonne garantie quant à l’absence de tout autre germe pathogène d’origine fécale dans l’eau. Toutefois, la question du rôle des germes témoins de contamination fécale en tant qu’indicateur de risque est posée depuis plusieurs dizaines d’années pour les virus. L’expertise collective de l’Agence française de sécurité sanitaire des aliments (Afssa) souligne d’une part les difficultés liées à la recherche systématique de virus dans les eaux (coût, volume de l’échantillon ...), et d’autre part l’absence d’indicateur qui remplirait l’ensemble des critères exigibles même si certains candidats (les coliformes, coliphages somatiques, les bactériophages F-spécifiques et les phages de Bacteroïdes fragilis) peuvent être intéressants pour évaluer l’efficacité des traitements. Cependant, l’Afssa rappelle que les indicateurs fécaux restent un outil important dans la mesure où ils signent une pollution fécale.

Le parasite Cryptosporidium parvuum a bénéficié d’un regain d’intérêt après l’épidémie survenue à Milwaukee en 1994 à l’origine de 69 décès, 4 400 hospitalisations et 403 000 malades, suite à une modification du système de traitement et à l’inadaptation du dispositif de surveillance des eaux. En France, une épidémie à Cryptosporidium sp. a été détectée en 1998 à Sète, due à la contamination d’un point de captage alimentant la ville. L’institut national de veille sanitaire (InVS) a étudié la corrélation entre la survenue des épidémies d’origine hydrique et la présence de germes témoin de contamination fécale (document support de ce cours). L’InVS indique que, pour une eau désinfectée, il n’y a pas toujours de corrélation entre le nombre de bactéries indicatrices de pollution fécale et les pathogènes notamment les parasites ou virus, du fait d’une sensibilité différente au traitement par le chlore (les pathogènes non bactériens [notamment Cryptosporidium sp] peuvent être plus résistants). Ainsi, la recherche des germes témoins de contamination fécale n’est pas prédictive de la présence de parasites, en particulier Cryptosporidium sp. Différents indicateurs possibles ont été proposés et étudiés (turbidité, spores de bactéries aérobies, particules) mais aucun ne se révèle totalement fiable pour déceler de la présence de Cryptosporidium sp. dans les eaux traitées destinées à la consommation humaine. La prévention de ce risque passe par l’identification des captages sensibles et la mise en œuvre de traitements efficaces sur Cryptosporidium sp. La question de la pertinence des germes témoins de contamination fécale se pose également vis-à-vis de bactéries opportunistes des biofilms, du fait de la plus grande « résistance » des biomasses fixées aux désinfectants usuels (les dépôts du biofilms consomment le désinfectant, en outre ce dernier pénètre mal à l’intérieur des biofilms).

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